对于自己的身世，朱慈炤一直守口如瓶，但他按朱家传统，为儿子取名时以“和”字排辈，最后一字都为带有土部的怪字。这些举动逐渐为人们所注意，有一天，一个名叫念一的和尚深夜拜访他，他无意中吐露了真情，不久之后念一和尚起兵反清，并且打出了他名号。如此他身份就暴露了。
满清将他全家都捉拿下狱。
抓捕之夜，他家中妻妾和女儿都自缢而死，男子都被抓获。
朱慈炤承认自己皇明四皇子的身份，但否认造反。
可惜身份就是最大的罪过。
最终，朱慈炤被凌迟处死，家中男子则是斩立决。
崇祯子孙---至此死绝。
从十一岁到七十五岁，朱慈炤躲过了一次次的危机，一生谨慎，但最终还是没有逃过那一刀。
朱慈炤的经历，足可以写一本厚厚地书。
“臣弟见过太子殿下。”永王朱慈炤说话还带着一点奶声奶气，不过表情动作却很大气，已然有皇子的威仪。这一点比定王朱慈炯强，朱慈炯太腼腆，感觉就像是一个小女生。
历史上，朱慈炤是崇祯十五年的六月才被册封为永王，所以现在他还不是永王，只是一个皇子。
朱慈烺点头笑，心说这个弟弟可是比我经历的苦难多了。
除了永王，永王身后的那个年轻官吏也引起了朱慈烺的注意。
面目清秀，神情淡然，眼神坚定。
“臣翰林院检讨方以智见过殿下。”年轻官员深深一鞠。
翰林院检讨、皇子定王和永王的讲官，同时也是明末四大公子之一的方以智！
朱慈烺心中一跳。
四公子中，方以智的名气远不如其他三人，尤其侯方域和冒襄更是因为与秦淮八艳中的李香君董小宛的香艳故事，而名闻天下。
但如果说到真才实学，说到忠诚，方以智远远胜过其他三人。
清史记载，顺治十一年，方以智的老乡兼好友钱澄之去看望方以智，途中借宿一间寺庙，遇到一位僧人，原来是服侍崇祯帝的内廷太监，两人聊得投机，前太监听说钱澄之与方以智相熟，于是发了一番感慨。
清史稿·方以智传记载道：“昔侍先皇，一日朝罢，上忽叹曰‘有一讲官之父巡抚河南（指的应该是河南巡抚李仙风），坐失机问大罪。然饰容举止如常。不孝若此，能为忠乎?闻新进士方以智，父进大狱，日号泣，持疏求救，此亦人子也。
这段话的意思是:崇祯帝拿一个讲官(为皇帝经筵进讲的官员)与方以智来对比，这个讲官的父亲在河南做巡抚，因罪问斩，那个讲官居然无动于衷，照样薰衣，服饰、神情、举止如同平常。崇祯帝感叹”相比之下，方以智为救父亲，日日持血书哭泣申诉，“这同样也是做人的儿子啊!”崇祯帝因此得出一个结论:忠臣，一定要从孝子中来找。
方以智听这段转述时，距离崇祯帝在煤山自缢已有整整10年了，明朝早已覆亡，新朝已是顺治十一年。清史稿·方以智传中写道，听完此言之后，方以智匍匐在地，痛哭失声。
他一定是想到了崇祯帝的音容笑貌，想到了天崩地裂、衣冠沦丧的国仇家恨。
甲申之变，李自成攻破北京城，崇祯自尽，方以智在崇祯灵前痛哭，不愿离去，被抓住，并严刑拷打，“加刑毒，两髁骨见，不屈”，不久李自成兵败山海关，方以智趁乱逃往南方，但却被南明小朝廷排挤，四处流浪，饥寒交迫，但始终不肯投降清朝。1650年，他在广西平乐被吴三桂的手下马蛟麟抓住，史载:“其帅欲降之，左置官服，右白刃，惟所择”，方以智毫不犹豫的走向了右边，表示自己绝不投降。
这么忠诚刚烈之人，连敌人都佩服，方以智被释放，当了和尚。
公元1671年，清康熙十年，方以智再次被捕，从江西押往广东时，途经江西万安惶恐滩头，因疽发卒于舟中。但更令人信服的说法是，方以智行至惶恐滩头，想起前朝文天祥事迹，自沉于惶恐滩以殉国。
还有一种说法，说方以智是反清复明组织“天地会”的创始人，这也是他康熙十年被捕的原因。
方以智忠诚如斯，在著述方面更是有惊人的成就，其传世者以通雅五十二卷、物理小识十二卷、药地炮庄九卷为最有名。其中物理小识辑录了各种学科的大量知识，涉及光学、电学、磁学、声学、力学诸多方面，与西方科学家的发现发明大体都在同一时间，有的甚至还提前了半个世纪。
四库全书总目称物理小识“考证奥博，明代罕与伦比”。物理小识传入日本后，日本学者评价为“牛顿之前、中国可以自豪”的关于自然科学的百科全书著作。
方以智撰有多种医学著作，通过传教士的交往，还了解了西医之解剖学，并撰文介绍给国人。
愤而离开南明小朝廷后，浪迹天涯，一度以卖药为生--如果方以智不再继续反清，晚年潜心著述，不过问政治，不冒着危险组织天地会，像黄宗羲他们那样专心著述，那么“明末清初三大思想家”，也许就会变成“四大思想家”了。
忠孝双全，矢志不渝，方以智可称是明末的完人。
其父方孔炤，官至三品，通医学、地理、军事，并且较早地接触西学，主张研习经世致用的知识，任湖广总督时，在剿匪中八战八捷，立下赫赫战功，张献忠诈降时，他竭力反对，8次上书，力陈招抚策略的错误，上司均未采