因为斯坦因不懂中文，他带走的经卷、写本和绘画中有很多没有价值的东西，与之相反，通晓包括汉语在内的13国语言的伯希和选出的文物全都是绝品，其中也包括了新发现的唐代新罗僧人慧超所著的往五天竺国传。
1909年，伯希和让手下携带大量敦煌遗书运回巴里斯，自己仅带了一小部分辗转来到了京城，并认识了数位京城学者。
这些京城学者看到伯希和手中的这些敦煌遗书，都忍不住啧啧称奇。
当时有一人上前说：“伯君，如此精品，世所罕见。这些宝卷随你回国，再也见不到了，可否将这些经卷拍成照片，赠送给我们一份？”
本就做贼心虚的伯希和连忙答应，他劝京城学术界的这些人，敦煌石室中还有8000余卷遗书，应早日派人前往保护，以免被别人夺走。
得知敦煌文物大量流失，京城学术界大惊失色，立刻上书，要求清廷保护好这些敦煌文物。
宣统二年（1910），清廷学部获悉敦煌石室文物流散消息后，电令驻金城的陇右总督，让敦煌县县令调查清点藏经洞文献，不许卖给外人，并让陇右布政使押运送京，交京师图书馆收藏。
那时候，已经一心想要重修莫高窟的王道士，在官府来人之前，又私藏了若干经卷、写本和绘画。
同年前后，王道士将数十洞窟凿通，使各洞相通连，大量壁画遭破坏。他还修建“古汉桥”，以便利朝山拜佛者上下，又搬出各窟残塑，造“千相塔”，有廷学政撰文并雕刻敦煌千佛洞千相塔碑，以记其事。